Působení církve v našem městě trvá již celých 700 let a je zpočátku spojeno s německým rodem rytířů ze Smojna (Sman). Fridman de Sman vystavěl asi před rokem 1315 městečko Richinstadt a se vznikem opevněného sídla byl u něj postaven kostel Panny Marie. Tento kostel opravil další majitel panství Beneš z Vartenberka v roce 1458. Nedlouho po tom získali Zákupy Berkové z Dubé a Zdislav Berka z Dubé po roce 1518 započal stavbu nového kostela sv. Fabiána a Šebestiána ve městě. Po vystavění zámecké kaple pozbyl kostel u zámku svou funkci a byl rozebrán. Další majitelka panství velkovévodkyně toskánská Anna Marie Františka na počátku 18. století přestavěla kostel do barokní podoby. Od roku 1805 vlastnili panství Habsburkové a císař Ferdinand V.(I.) Dobrotivý nechal roku 1863 kostel přebudovat v novogotickém slohu. Za obou světových válek byly zrekvírovány kostelní zvony. V letech 1945 a 1946 bylo odsunuto 3300 zákupských Němců a zůstalo zde pouze na 30 smíšených rodin.
Nově příchozí Češi a Slováci z vnitrozemí a bývalé Jugoslávie neměli po generace budovaný vztah k církevním památkám, které tak upadaly a byly ničeny. Komunisté roku 1950 násilně zlikvidovali jak klášter boromejek na náměstí, tak i kapucínský klášter. Barokní sochy z kapucínského kláštera skončily v základech teletníků na Podlesí. Osazenstvo klášterů bylo zatčeno a na dlouhá léta skončilo v internaci, církevní obrazy a monstrance byly odvezeny Národnímu muzeu, zbytek byl rozkraden, církevní knihy zničeny. Další duchovní byli šikanováni a omezováni ve své pastorační práci. Děkani Mojmír Josef Melan a Rudolf Hevera byli po vykonstruovaných záminkách dokonce odsouzeni do vězení. Děkan Jan Maria Surý zemřel přímo v kostele v sakristii na selhání srdce. V roce 2009, 1. července byl jmenován administrátorem a posléze děkanem R.D. Mgr. Grzegorz Wolański.
Podrobná historie farnosti je ke staženi zde PDF 1,8 MB
